사실 가장 큰 이유는
교황의 권위를 인정하냐 하지 않느냐 입니다.

성경에 그리스도가 천국문의 열쇠를 베드로에게 넘겨줬고 그 베드로의 후계자인 교황이 그 권한을 가지고 있어서
천국에 갈수 있냐 못가냐는 교황에 달렸다가 천주교 입니다.
그리스도가 천국문의 열쇠를 넘겨줬다라는 표현은 어디까지나 중의적 표현으로 천국문의 열쇠를 베드로에게 넘겨줬다는 의미는 모든 믿는자가 스스로 천국을 갈수 있다라는 의미다라고 주장하는게 개신교입니다.
또한 개신교의 주장은 카톨릭의 라틴어 번역본 성경의 번역 오류가 열쇠를 실질적인 물체의 의미로 사용됬으며 라틴어 번역본 이전의 원전에선 그렇지 않다라고 주장하죠.
그리고 덤으로 교황이 베드로의 후계자라고 주장하는대에 대해 인정하지 않죠.

또 성경에 외경이라고 불리는 성경이 있습니다 카톨릭에선 이들중 몇몇 권을 정경으로 포함시켜서 교황의 권위와 연옥의 존재를 믿습니다만
개신교에선 외경=위경 곧 가짜로 취급합니다.
마찬가지로 연옥도 인정하지 않죠

여기서 연옥설은 죽은 사람의 영혼이 바로 심판으로 분류되지 않고 세상의 종말까지 연옥에서 대기했다가 심판날에 천국과 지옥으로 나뉜다
이때 죽은 사람의 영혼이 연옥에 있을때 교황의 권위로 천국에 보낼수 있다가 카톨릭이고.

개신교는 연옥을 인정하지 않고 교황의 권위를 인정하지 않기 때문에
개개인의 죽음은 곧 개개인의 심판으로 이어지고 천국과 지옥으로 바로 나뉘며 살아올때의 행적에 따라 분류된다 라고 보시면 됩니다.

이외에도 예배 예식이라던지 성자 숭배라던지 부분에서도 많은 차이를 보인다고 보시면 됩니다.

고해성사라는 부분도 이런 교황 권위에서 나오는거죠
죄의 용서를 교황의 권위로 사함 받느냐
죄의 용서는 개개인의 믿음으로 사함 받느냐 차이라고 보시면 됩니다.

마찬가지고 기도도
교황을 통해서 신에게 기도하느냐 아니면 다이렉트로 1:1로 기도하느냐 차이 정도입니다.

뭐 극과 극으로 다르다고 보시면 됩니다.
기독교가 카톨릭에서 갈라져 나올당시에 카톨릭의 심각한 부패를 단순히 개인의 부패로 보느냐
필연적인 부패로 보느냐의 시각차이도 있었습니다.
대표적으로 장로교의 칼뱅은 하나님의 대리자를 참칭하는 적그리스도의 우두머리 교황이 운영하는 종파가
정상적일리 없다고 주장했죠.
그래서 아에 로마교황이 성립되기 이전인 초기 기독교의 모습으로 돌아가야 한다고 주장했죠.

반대로 종교개혁으로 유명한 루터는 카톨릭의 부패를 개인의 부패로 봤고
자성해야 한다라고 봤습니다 물론 루터가 카톨릭에서 추방당하면서 어쩔수없이 떨어져 나오다 보니 루터파의 영향을 받은 교파는 카톨릭의 색을 상당히 가지고 떨어져 나왔고
칼뱅의 영향을 받은 교파는 카톨릭의 유산으로 보이는건 싸그리 박살내고 시작했죠.

마찬가지고 성공회도 사실 영국왕에 의해 강제로 뜯겨 나가다 보니 교황만 뺀 나머지부분은 카톨릭과 거의 흡사하죠